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本期目录

  • 生物技术进展
    2024年 第14卷 第3期 发布日期:2024-05-25

进展评述

研究论文

  • 生物信息学分析鉴定骨髓增殖性肿瘤发生发展的免疫调控因子
  • 梁一鹏, 王迪, 宋昊泽, 石莉红, 佟静媛
  • 2024 Vol. 14 (3): 492-500. DOI:10.19586/j.2095-2341.2023.0160
  • 摘要 ( ) HTML ( ) PDF (5138KB)( )
  • 骨髓增殖性肿瘤是一组由造血干细胞异质性增殖引起的疾病,主要包括真红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化。在骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中都表现出炎症反应紊乱,而过度的炎症反应会推进骨髓增殖性肿瘤的发生和进展。深入研究骨髓增殖性肿瘤的免疫炎症机理,对其控制有着至关重要的意义。从基因表达综合数据库中寻找合适的骨髓增殖性肿瘤的基因表达谱芯片(GSE174060),其中骨髓增殖性肿瘤患者有50个,正常供者有15个。利用limma分析,筛选获得1 269个差异表达基因(|log2FC|≥0.5,P.adj<0.05),包括810个上调基因和459个下调基因。随后将差异基因与免疫相关基因集取交集获得了128个免疫相关基因,包括108个上调基因和20个下调基因。基因功能注释分析发现这些基因主要富集在免疫应答、趋化、白细胞介素信号传导、中性粒细胞脱颗粒、适应性免疫等通路。蛋白互作网络分析中,首先利用Cytoscape软件构建这些基因的重要模块,主要包括2个重要模块,模块一包括11个节点(node)和62个连接(edge),模块二包括9个节点和36个连接;然后通过Cytohubba插件确定了10个免疫相关关键HUB基因(IL1BJAK2CXCL10ICAM1CX3CR1TLR4MMP9CD4CCR1LYN)。利用GSE103237数据集对这10个基因进行基因表达分析,发现其中7个基因在骨髓增殖性肿瘤组中表达上调,验证了HUB基因的重要性。综上,研究结果有助于发现骨髓增殖性肿瘤中重要的免疫炎症因子,为肿瘤治疗提供一定的策略和依据。