Please wait a minute...

本期目录

  • 生物技术进展
    2024年 第14卷 第6期 发布日期:2024-11-25

刊首语

食药用菌生物技术专题

  • 黑木耳丰度SNP标记开发及应用
  • 贾定洪, 刘询, 王波, 王晓巍, 李通, 黄礼璟
  • 2024 Vol. 14 (6): 892-901. DOI:10.19586/j.2095-2341.2024.0120
  • 摘要 ( ) HTML ( ) PDF (3913KB)( )
  • 以黑木耳(Auricularia heimuer Dai13782)的基因组作为参考框架,利用NCBI数据库中收录的皱木耳SS5、黑木耳B14-8、毛木耳CCMJ2827及毛木耳ACW001等菌株的基因组为测试数据,通过一系列生物信息学工具(如Bwa、Samtools、Bcftools)分析了黑木耳及近缘种共5个菌株之间的基因组变异情况。利用Tassel 5软件,构建了包含5个菌株在内的亲缘关系矩阵,利用R语言中的Pheatmap包,对这一矩阵进行了可视化处理,直观地展示了这5个菌株之间的亲缘关系。采用VCFtools-0.1.16软件,通过设定300 bp的滑动窗口,筛选出其中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)数量等于或大于50的丰度SNP(abundance SNP, aSNP)区域。利用Primer 3软件,针对这些aSNP区域设计了47 407对引物。经过e-PCR的严格筛选,发现1 020对引物符合实验设定,涉及8个aSNP区域,每个区域保留1对特异引物,分布在参考基因组的6个重叠群区域。以常用的ITS和LSU作为参考标记,以aSNP标记验证分析13个黑木耳菌株的遗传亲缘关系。结果显示,aSNP标记揭示的系统发育关系大体上与ITS、LSU标记结果一致,甚至能更细致地区分亲缘关系很近的黑木耳菌株。总体上反映出黑木耳菌株与毛木耳亲缘关系相对较近,与皱木耳关系最远,该结果与基于全基因组SNP揭示的亲缘关系结果基本一致,侧面证实了基于aSNP序列分析结果的可靠性。实验开发的aSNP标记序列区间含有丰富的变异位点,有望作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标分析序列的有益补充,为黑木耳等种质资源的系统发育及遗传鉴定提供助力。

进展评述

研究论文