玉米精氨酸甲基转移酶蛋白家族生物信息学分析

doi:10.3969/j.issn.2095-2341.2014.01.05.

生物技术进展 ›› 2014, Vol. 4 ›› Issue (1): 22-29.DOI: 10.3969/j.issn.2095-2341.2014.01.05.

玉米精氨酸甲基转移酶蛋白家族生物信息学分析

钱叶雄，徐士杰，张亚男，张梦飞

安徽师范大学生命科学学院，安徽芜湖 241000

收稿日期:2013-09-13 出版日期:2014-01-25 发布日期:2013-11-04
作者简介:钱叶雄，副教授，博士，研究方向为玉米表观遗传学与生物信息学。E-mail:qyx2011@mail.ahnu.edu.cn
基金资助:
中国博士后科学基金项目（2012M521212）；安徽省自然科学基金项目（1308085MC44）；安徽省高校省级自然科学研究重点项目（KJ2013A132）资助。

Bioinformatics Analysis of PRMT Protein Family in Maize

QIAN Ye-xiong， XU Shi-jie， ZHANG Ya-nan， ZHANG Meng-fei

College of Life Sciences， Anhui Normal University， Anhui Wuhu 241000, China

Received:2013-09-13 Online:2014-01-25 Published:2013-11-04

摘要/Abstract

摘要： 蛋白质精氨酸甲基转移酶（protein arginine methyltransferases, PRMTs）是真核生物基因组中重要的表观遗传调控因子之一，主要参与组蛋白精氨酸位点甲基化修饰，改变真核基因组的染色质结构，对基因的表达进行调控。本研究鉴定了8个玉米的PRMT蛋白序列，通过与两种模式植物（拟南芥和水稻）的全部PRMT蛋白序列的同源比对和系统发生关系分析，确定玉米PRMT蛋白主要分布在3个不同的亚家族中。运用生物信息学的方法和软件预测和分析了全部玉米PRMT蛋白氨基酸序列的理化性质、信号肽、跨膜结构域、疏水性和亲水性,以及蛋白质二级及三级结构等重要参数。这些数据对后续鉴定玉米PRMT蛋白的功能具有重要的意义。

关键词: 玉米, 组蛋白甲基化, PRMT结构域

Abstract: Protein arginine methyltransferases, PRMTs, are one of important epigenetic regulating factors，which are involved in modifying histone arginine methylation, changing chromatin structure and regulating gene expression in eukaryotic genome. In this study, a complete set of 8 PRMT proteins were identified in maize genome. By contrasting with the PRMT protein sequences in Arabidopsis and rice, all 8 ZmPRMT proteins were categorized into three classes based on phylogeny in maize. By using bioinformatics methods and softwares, physical and chemical of amino acid sequence of all maize PRMT proteins were analyzed, and their signal peptide, transmembrane domain, hydrophobic and hydrophilic structure, protein secondary and tertiary structure were also determined in this study. These results revealed a comprehensive overview of the maize PRMT protein family and provided a great significance on subsequent functional research of PRMT proteins in maize.

Key words: maize, histone methylation, PRMT domain

钱叶雄，徐士杰，张亚男，张梦飞. 玉米精氨酸甲基转移酶蛋白家族生物信息学分析[J]. 生物技术进展, 2014, 4(1): 22-29.

QIAN Ye-xiong， XU Shi-jie， ZHANG Ya-nan， ZHANG Meng-fei. Bioinformatics Analysis of PRMT Protein Family in Maize[J]. Curr. Biotech., 2014, 4(1): 22-29.

[1]	肖克, 周晓今, 陈茹梅, 逄森. 玉米中ClassⅠ和ClassⅡ NAS蛋白之间的BiFC互作研究[J]. 生物技术进展, 2022, 12(5): 728-736.
[2]	刘婷婷, 仝涛, 黄昆仑. 转基因玉米的研究进展和食用安全性评价[J]. 生物技术进展, 2022, 12(4): 523-531.
[3]	党星, 郅斌伟, 曹克浩, 刘婷婷, 陈飚, 丁远杰. 转基因玉米生物育种技术的专利分析及产业发展建议[J]. 生物技术进展, 2022, 12(4): 614-622.
[4]	温洪涛, 杨洋, 丁一佳, 苑冉, 张瑞英, 徐志远, 梁晋刚. 抗虫玉米CM8101定性检测方法的建立[J]. 生物技术进展, 2022, 12(2): 248-255.
[5]	袁钰涵, 樊佳丽, 杨文竹, 陈茹梅. 3个玉米黄叶突变体的光合特性研究[J]. 生物技术进展, 2022, 12(1): 75-82.
[6]	甄珍, 窦迎港, 刘晓兰. 玉米蛋白粉DNA提取方法比较研究[J]. 生物技术进展, 2022, 12(1): 99-104.
[7]	李树磊, 徐妙云, 郑红艳, 王磊. CRISPR/Cpf1单碱基编辑系统的构建及应用[J]. 生物技术进展, 2021, 11(6): 732-740.
[8]	雷彤彤,王丽花,吴元元,陈妍菲,唐选明. 玉米灵芝菌粮营养成分及加工特性变化研究[J]. 生物技术进展, 2021, 11(3): 322-329.
[9]	任雯,杨海侠,陈立柱,李雨峰,刘亚. 核酸层析法转基因快速检测体系的建立及应用[J]. 生物技术进展, 2020, 10(6): 680-687.
[10]	温洪涛,杨洋,丁一佳,苑冉,张秀杰,张瑞英. 耐除草剂玉米G1105E-823C定性检测方法[J]. 生物技术进展, 2020, 10(6): 688-695.
[11]	武文艳,刘新香,周秒依,刘金香,刘亚. 转基因玉米2A-5特异性PCR方法的建立[J]. 生物技术进展, 2020, 10(4): 363-370.
[12]	王亚丽,邓德祥,王益军,. 玉米G蛋白研究进展[J]. 生物技术进展, 2019, 9(1): 1-5.
[13]	崔凤超,王平喜,刘小刚,邹枨. 基于混池测序的抗玉米灰斑病QTL定位[J]. 生物技术进展, 2018, 8(4): 317-323.
[14]	姜志磊,周琳,武奉慈,宋新元. 玉米扩展蛋白Expansin基因家族定位及基因表达模式分析[J]. 生物技术进展, 2018, 8(1): 34-40.
[15]	张欣,董玉凤,王旭静,王志兴. 抗虫耐除草剂转基因玉米SW-1目标性状测试及多重PCR检测[J]. 生物技术进展, 2017, 7(4): 296-303.

玉米精氨酸甲基转移酶蛋白家族生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of PRMT Protein Family in Maize

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